Fil-battalja li nqalgħet bejn il-Vatikan u l-Ordni ta’ San Ġwann ħarġet ċara wkoll id-differenza fil-ħsieb bejn it-tmexxija tal-Ordni u l-Papa Franġisku, b’dan tal-aħħar qed jadotta ħsibijiet iktar progressivi li fl-Ordni, bħal fi kwartieri reliġjużi oħra, għadhom qed isibu reżistena.
Fil-fatt ir-riżenja tal-GranMastru tal-Ordni ta’ Malta, Fra Matthew Festing, ddur ma tkeċċija ta’ Kavallier imħallaq li ħalla l-użu tal-kontraċettivi fi programm kontra l-faqar li kienet qed tmexxi l-ordni.
L-istoriku Aleks Farrugia huwa fost dawk li jemmnu li l-indħil tal-Papa fid-diżgwid jibgħat sinjal qawwi ta’ Ordni li għandha bżonn timxi maż-żminijiet.